运输工程与管理系下设交通运输和交通管理2个本科专业，共有专任教师36人，建设有1门国家级一流课程、3门重庆市一流课程，2门重庆市课程思政示范课程，3门重庆市虚拟仿真实验项目，近3年共出版教材近10部，承担参与各级教学改革项目近20项。依托学校交通运输工程一流学科、交通运输工程一级学科硕士点和博士点、交通运输工程博士后科研流动站，建设有重庆市交通运输工程重点实验室等教学科研平台。
交通运输专业组建于1997年，其前身为原交通部1982年创办的重点本科专业“交通运输管理”，2007年入选“重庆市特色专业”，2010年获批“国家特色专业”，同年通过工程教育专业认证，2011年入选教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业，2013年获批国家“专业综合改革试点”专业，同年获批重庆市“三特行动计划”建设专业，2019年入选国家首批“一流专业建设点”，同年通过第三次工程教育专业认证复评。
交通管理专业最早起源于上世纪80年代的重庆市河运校的水运管理专业，于2006年升本，定名航运管理专业，后于2013年更名为交通管理专业。本专业是国内少有、长江上游和西南地区唯一专门培养港航物流管理人才的普通本科专业，是重庆市“三特”学科群和“一流”学科支撑专业。40余年的办学历史，培养了2600余名优秀毕业生，大多数已经成长为长江内河和西南地区港航政府主管部门与大型港航物流企事业单位的领导及业务技术骨干。
